Organisasi otonom di bawah naungan Muhammadiyah yang khusus untuk kaderisasi di kalangan pelajar. Organisasi ini setara dengan OSIS pada sekolah umum, tetapi berada di sekolah-sekolah Muhammadiyah, dan bergerak dalam bidang dakwah serta pendidikan. Tujuan utamanya adalah membentuk pelajar yang berilmu, berakhlak mulia, dan terampil.

Rumah Tahfidz Muhammadiyah untuk memfasilitasi proses menghafal Al-Qur'an dan membentuk generasi Qur'ani yang berkarakter. Lembaga ini berfungsi sebagai tempat belajar Al-Qur'an yang mengajarkan menghafal, mengamalkan, dan membudayakan nilai-nilainya dalam kehidupan sehari-hari.

Organisasi otonom di bawah naungan Persyarikatan Muhammadiyah dan anggota Ikatan Pencak Silat Indonesia (IPSI). Semboyannya adalah "Dengan Iman dan Akhlak saya menjadi kuat, tanpa Iman dan akhlak saya menjadi lemah".

Organisasi otonom di bawah naungan Persyarikatan Muhammadiyah yang bergerak di bidang kepanduan, yang didirikan oleh K.H. Ahmad Dahlan pada tahun 1918 di Yogyakarta. Secara harfiah, "Hizbul Wathan" berarti "pembela tanah air". Tujuan utamanya adalah membentuk anak, remaja, dan pemuda muslim yang berakidah kuat, bermental dan berfisik sehat, berilmu, berteknologi, serta berakhlak mulia.

Pasukan Pengibar Bendera yang bertugas mengibarkan bendera Merah Putih saat upacara bendera di madrasah/sekolah atau acara resmi lainnya. Kegiatan ini bertujuan untuk membentuk karakter siswa yang disiplin, berani, memiliki rasa cinta tanah air, dan jiwa kepemimpinan, serta melatih keterampilan baris-berbaris dan kepemimpinan.

Organisasi pembinaan anggota remaja dari Palang Merah Indonesia (PMI) yang kegiatannya bersifat ekstrakurikuler di sekolah. Tujuan PMR adalah membentuk karakter anggota yang berpedoman pada dasar-dasar kepalangmerahan, siap menjadi relawan masa depan, dan menanamkan jiwa kemanusiaan, solidaritas, serta kepedulian terhadap sesama.